Visualitzador de molècules d'ADN per laboratori virtual

Abstract

Com a continuació del treball de final de carrera “Desenvolupament d’un laboratori virtual per a les pràctiques de Biologia Molecular” de Jordi Romero, s’ha realitzat una eina complementaria per a la visualització de molècules integrada en el propi laboratori virtual. Es tracta d’una eina per a la visualització gràfica de gens, ORF, marques i seqüències de restricció de molècules reals o fictícies. El fet de poder treballar amb molècules fictícies és la gran avantatge respecte a les solucions com GENBANK que només permet treballar amb molècules pròpies. Treballar amb molècules fictícies fa que sigui una solució ideal per a l’ensenyament, ja que dóna la possibilitat als professors de realitzar exercicis o demostracions amb molècules reals o dissenyades expressament per a l’exercici a demostrar. A més, permet mostrar de forma visual les diferents parts simultàniament o per separat, de manera que ofereix una primera aproximació interpretació dels resultats. Per altra banda, permet marcar gens, crear marques, localitzar seqüències de restricció i generar els ORF de la molècula que nosaltres creem o modificar una ja existent. Per l’implementació, s’ha continuat amb l’idea de separar la part de codi i la part de disseny en les aplicacions Flash. Per fer-ho, s’ha utilitzat la plataforma de codi lliure Ariware ARPv2.02 que proposa un marc de desenvolupament d’aplicacions Flash orientades a objectes amb el codi (classes ActionScript 2.0) separats del movieclip. Per al processament de dades s’ha fet servir Perl per ser altament utilitzat en Bioinformàtica i per velocitat de càlcul. Les dades generades es guarden en una Base de Dades en MYSQL (de lliure distribució), de la que s’extreuen les dades per generar fitxers XML, fent servir tant PHP com la plataforma AMFPHP com a enllaç entre Flash i la resta de parts.

Continuing with the Degree essay “Developing a virtual laboratory for the Molecular Biology practises” by Jordi Romero, a complementary tool has been made in order to visualise the integrated molecules at the virtual laboratory. This tool graphically visualises genes, ORF, restriction marks and sequences in real or fictitious molecules. Being able to work with fictitious molecules is a great advantage respect to solutions like GENBANK, which only allows working with molecules within GENBANK itself. Working with fictitious molecules is the ideal solution in education, as the teachers have the possibility to do exercises or demonstrations with either real molecules or molecules designed specifically for the exercise to show. It allows to visually show different parts, either simultaneously or separately, therefore offering a first approximation and interpretation of the results. It allows marking genes, creating marks, localising restriction sequences and either generating the ORF for the molecule created by us or modifying an existing one. When doing the implementation, I separated the code part from the design parts within the Flash applications. In order to do that, I used Ariware ARPv2.02, a free code platform, which proposes the development of Flash applications oriented to object with the code (classes ActionScript 2.0), separated from the movie clip. When processing the data I used Perl, as it is highly used in Biocomputing and fast in calculating. The generated data is saved in a Database in MYSQL (free distribution), from which data is generated to create XML files, using PHP and AMFPHP platform as a link between Flash and the rest of the parts.