DSpace Repository

MB-MDR: Model-Based Multifactor Dimensionality Reduction for detecting interactions in high-dimensional genomic data

Show simple item record

dc.contributor Universitat de Vic. Grup de Recerca en Bioinformàtica i Estadística Mèdica
dc.contributor.author Calle, M. Luz
dc.contributor.author Urrea Gales, Víctor
dc.contributor.author Malats i Riera, Núria
dc.contributor.author Van Steen, Kristel
dc.date.accessioned 2008-02-05T12:54:06Z
dc.date.accessioned 2012-03-30T09:39:46Z
dc.date.available 2008-02-05T12:54:06Z
dc.date.available 2012-03-30T09:39:46Z
dc.date.created 2008-01
dc.date.issued 2008-02-05T12:54:06Z
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10854/408
dc.description.abstract L’anàlisi de l’efecte dels gens i els factors ambientals en el desenvolupament de malalties complexes és un gran repte estadístic i computacional. Entre les diverses metodologies de mineria de dades que s’han proposat per a l’anàlisi d’interaccions una de les més populars és el mètode Multifactor Dimensionality Reduction, MDR, (Ritchie i al. 2001). L’estratègia d’aquest mètode és reduir la dimensió multifactorial a u mitjançant l’agrupació dels diferents genotips en dos grups de risc: alt i baix. Tot i la seva utilitat demostrada, el mètode MDR té alguns inconvenients entre els quals l’agrupació excessiva de genotips pot fer que algunes interaccions importants no siguin detectades i que no permet ajustar per efectes principals ni per variables confusores. En aquest article il•lustrem les limitacions de l’estratègia MDR i d’altres aproximacions no paramètriques i demostrem la conveniència d’utilitzar metodologies parametriques per analitzar interaccions en estudis cas-control on es requereix l’ajust per variables confusores i per efectes principals. Proposem una nova metodologia, una versió paramètrica del mètode MDR, que anomenem Model-Based Multifactor Dimensionality Reduction (MB-MDR). La metodologia proposada té com a objectiu la identificació de genotips específics que estiguin associats a la malaltia i permet ajustar per efectes marginals i variables confusores. La nova metodologia s’il•lustra amb dades de l’Estudi Espanyol de Cancer de Bufeta. cat
dc.format application/pdf
dc.format.extent 14 p. ca
dc.language.iso eng ca
dc.rights Aquest document està subjecte a aquesta llicència Creative Commons cat
dc.rights.uri http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/
dc.subject.other Bioinformàtica
dc.subject.other Biometria
dc.subject.other Mineria de dades
dc.subject.other Epidemiologia genètica
dc.title MB-MDR: Model-Based Multifactor Dimensionality Reduction for detecting interactions in high-dimensional genomic data ca
dc.type info:eu-repo/semantics/workingPaper ca
dc.rights.accesRights info:eu-repo/semantics/openAccess

Files in this item

Show simple item record

Aquest document està subjecte a aquesta llicència Creative Commons Except where otherwise noted, this item's license is described as Aquest document està subjecte a aquesta llicència Creative Commons

Search RIUVic


Advanced Search

Browse

Statistics