Generació d'un "KO" en E.coli K12 mitjançant recombineering

Abstract

En aquest Treball de Final de Grau s’exposen els resultats del projecte portat a terme en les instal·lacions d’Inkemia – IUCT per al projecte de generació de soques bacterianes mitjançant tècniques de biologia sintètica descendent. El projecte consisteix a eliminar el gen ompT mitjançant la tècnica del recombineering a la soca bacteriana Escherichia coli K12 i introduir en la seva posició un cassette de recombinació elaborat de novo mitjançant la síntesi artificial de gens, tècniques de manipulació i caracterització genètica. La hipòtesi de partida d’aquest Treball Final de Grau és que la soca bacteriana Escherichia coli K12 conté el gen ompT al seu genoma i que, per tant, es pot eliminar i substituir per un altre seqüència genètica. Així dons, l’objectiu principal del projecte és l’eliminació de la proteasa OmpT de la soca bacteriana E. coli K12 “wild-type” mitjançant recombineering i introducció del cassette de recombinació en la seva posició. Com a objectiu secundari també es pretén optimitzar la tecnologia del recombineering Els resultats del projecte han estat dues soques bacterianes modificades a partir de la soca d’Escherichia coli K12. En ambdues soques s’ha aconseguit eliminar el gen ompT i la introducció d’un cassette de recombinació a la seva posició mitjançant la tecnologia del recombineering.

In this Final Project, you can see the results of the project carried out at the facilities of Inkemia - IUCT for the project of the generation of bacterial strains made using techniques of descending synthetic biology. The project consists of deletion the ompT gene by recombineering technique in the bacterial strain of Escherichia coli K12 and introducing a new recombination sequence in its position made by artificial synthesis of genes, techniques of manipulation and genetic characterization. The starting hypothesis of this Final Project is that the bacterial strain Escherichia coli K12 contains the gen ompT in its genome and that therefore can be eliminated and replaced by another genetic sequence. Moreover, the main objective of the project is the elimination of the OmpT protease of the bacterial E. coli K12 "wild-type" bacterial strain using recombineeering and the introduction of the recombination sequence in its position. The secondary objective is to optimize recombineering technology. The results of the project have been two bacterial strains modified from the Escherichia coli K12 strain. In both strains it has been possible eliminate the ompT gene and introduce a recombination sequence to its position using recombineering technology.