El DNA barcoding és un sistema d’identificació d’organismes que serveix com a complement de l’anàlisi morfològic per classificar els espècimens més acuradament i per l’elaboració d’estudis evolutius. Aquest sistema consisteix en un primer procés d’extracció d’un gen DNA barcode, fragment amb unes característiques que el defineixen ...»»»»
El DNA barcoding és un sistema d’identificació d’organismes que serveix com a complement de l’anàlisi morfològic per classificar els espècimens més acuradament i per l’elaboració d’estudis evolutius. Aquest sistema consisteix en un primer procés d’extracció d’un gen DNA barcode, fragment amb unes característiques que el defineixen com a referent, la seva amplificació i seqüenciació; i un segon procés d’anàlisi bioinformàtic de les seqüències extretes.
En aquest treball s’ha establert com a objectiu principal la millora de l’anàlisi bioinformàtic per obtenir com a resultat final un arbre filogenètic de l’espècie Eilema. Per fer-ho s’han utilitzat les seqüències de mostres d’Eilema obtingudes als laboratoris de la Universitat de Vic- UCC i mostres publicades al portal Barcode Of Life Database (BOLD), prenent el fragment COI-5P del gen mitocondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) com referència de DNA barcode. Per optimitzar l’anàlisi bioinformàtic s’ha realitzat una comparativa entre els diferents mètodes i models d’alineament de seqüències i construcció d’arbres, així com una comparativa dels diferents programes utilitzats en cada procés.^^^^
DNA barcoding is a system identification that serves as a complement to morphological analysis to classify specimens more accurately and to conduct evolutionary studies. This system consists on a first process of extraction of a DNA barcode gene, a fragment with some features that defined it as a reference, its amplification and ...»»»»
DNA barcoding is a system identification that serves as a complement to morphological analysis to classify specimens more accurately and to conduct evolutionary studies. This system consists on a first process of extraction of a DNA barcode gene, a fragment with some features that defined it as a reference, its amplification and sequencing; and a second process of bioinformatics analyses of the extracted sequences.
In this study, the main objective has been to improve the bioinformatics analysis to obtain a phylogenetic tree of Eilema species as a final result. To do this, the sequences of Eilema samples used be some Eilema’s obtained in the laboratories of the University of Vic-UCC and samples published on the Barcode Of Life Database portal (BOLD), taking the COI-5P fragment of the mitochondrial cytochrome c oxidase gene subunit I (COI) as a DNA barcode reference. To optimize the bioinformatic analysis, a comparison was made between different methods and models of sequence alignment and tree construction, as well as a comparison between the different programs used in each process.^^^^
