Millora del procés d'anàlisi de seqüències de DNA barcodings i el seu estudi taxonòmic

Abstract

El DNA barcoding és un sistema d’identificació d’organismes que serveix com a complement de l’anàlisi morfològic per classificar els espècimens més acuradament i per l’elaboració d’estudis evolutius. Aquest sistema consisteix en un primer procés d’extracció d’un gen DNA barcode, fragment amb unes característiques que el defineixen com a referent, la seva amplificació i seqüenciació; i un segon procés d’anàlisi bioinformàtic de les seqüències extretes. En aquest treball s’ha establert com a objectiu principal la millora de l’anàlisi bioinformàtic per obtenir com a resultat final un arbre filogenètic de l’espècie Eilema. Per fer-ho s’han utilitzat les seqüències de mostres d’Eilema obtingudes als laboratoris de la Universitat de Vic- UCC i mostres publicades al portal Barcode Of Life Database (BOLD), prenent el fragment COI-5P del gen mitocondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) com referència de DNA barcode. Per optimitzar l’anàlisi bioinformàtic s’ha realitzat una comparativa entre els diferents mètodes i models d’alineament de seqüències i construcció d’arbres, així com una comparativa dels diferents programes utilitzats en cada procés.

DNA barcoding is a system identification that serves as a complement to morphological analysis to classify specimens more accurately and to conduct evolutionary studies. This system consists on a first process of extraction of a DNA barcode gene, a fragment with some features that defined it as a reference, its amplification and sequencing; and a second process of bioinformatics analyses of the extracted sequences. In this study, the main objective has been to improve the bioinformatics analysis to obtain a phylogenetic tree of Eilema species as a final result. To do this, the sequences of Eilema samples used be some Eilema’s obtained in the laboratories of the University of Vic-UCC and samples published on the Barcode Of Life Database portal (BOLD), taking the COI-5P fragment of the mitochondrial cytochrome c oxidase gene subunit I (COI) as a DNA barcode reference. To optimize the bioinformatic analysis, a comparison was made between different methods and models of sequence alignment and tree construction, as well as a comparison between the different programs used in each process.